Tras los primeros años de la fundación del Instituto, que se inició el 2 de enero de 1817, hubo momentos de crisis vocacional. Esa situación, lejos de desalentar a Marcelino, le sirvió de iniciativa para impulsar su entusiasmo y aumentar su confianza en Dios. Vivió momentos de alegría y fraternidad cuando contaba con el esfuerzo de los postulantes, novicios y hermanos que deseaban responder a la llamada de Dios formando parte del Instituto que nacía. También sabemos que hubo momentos difíciles debido a las críticas de la gente, a los juegos de poder de otros sacerdotes, autoridades e incluso de los mismos hermanos, o bien cuando sufrió una grave enfermedad.